अपनी जांच के बाद हेमंत करकरे ने संघ के साथ प्रज्ञा सिंह और उनके सभी साथियों के संबंध खोज निकाले थे। इसीलिए प्रज्ञा को छुड़ाने के लिए संघ की इकाई भाजपा और उसके शीर्षस्थ नेता लालकृष्ण आडवाणी ने उनके लिए गृह मंत्रालय को पत्र लिखकर उसे जेल में अच्छी तरह से रखने की सिफारिश की।